相続登記をするには、登録免許税がかかります。登録免許税は登記申請時に納付しなければならず、登記申請書（または印紙貼付台紙）に収入印紙を貼ることにより納付します（なお、オンライン申請の場合は、登録免許税も電子納付するのが通常だと思われます）。

登録免許税の税率は、不動産の固定資産評価額の１０００分の４（０．４％）です。たとえば、土地の相続登記をするとして、その土地の評価額が１，０００万円なら、登録免許税は４万円です。

固定資産評価額は、市町村役場（東京２３区の場合は都税事務所）で交付される固定資産評価証明書に書かれています。なお、固定資産評価額は、毎年送られてくる固定資産税の納税通知書にも記載されていますが、相続登記をする際には固定遺産評価証明書を添付する必要があります（一部の法務局で例外あり）。

持分移転の場合の登録免許税

被相続人が不動産を共有していて、その共有持分についての相続登記をおこなう際は、移転する持分の固定資産評価額に対して登録免許税がかかります。

たとえば、土地の評価額が１，０００万円、被相続人の持分は２分の１だったとします。この場合、移転する持分の評価額は５００万円ですから、納付すべき登録免許税は２万円（５００万円の０．４％）となります。

いつでも、不動産全体の固定資産評価額の０．４％の登録免許税がかかるわけではないのでご注意ください。

オンライン登記申請による登録免許税軽減措置の廃止

なお、かつてはオンライン登記申請をしたときは、登録免許税が軽減されるという特例がありました。しかし、不動産登記のオンライン申請による登録免許税の軽減措置は平成２５年３月３１日をもって廃止されています。

したがって、書面申請でもオンライン申請でも登録免許税は全く変わらないのですが、当事務所では原則として全ての相続登記をオンライン申請によりおこなっています。